新冠疫情去年5月爆發時，疫苗一劑難求，但據疫情指揮中心統計，至今年9月止，政府自購5351萬劑各品牌疫苗中，已有350萬劑、約6.5％疫苗過期報銷，浪費公帑約12億元，其中，高端疫苗報銷逾5億元，高居各品牌疫苗之首。專家質疑，疫苗有剩可以送，政府為何直接報銷？民脂民膏，政府如此浪費納稅人的血汗錢，應交代原因。
未用疫苗屆滿效期就須銷毀，指揮中心統計，至今年9月15日，中央尚未出庫的屆效疫苗有AZ約229萬劑、高端約58.7萬劑；各縣市回報屆效疫苗，AZ約5.9萬劑、莫德納約47.5萬劑、BNT約6.8萬劑、高端約1.4萬劑。兩者相加，AZ疫苗共銷毀約235萬劑最多，其次是國產高端疫苗因打氣不佳，總共60.1萬劑面臨過期報銷。
若以國際購買均價來計算，我國共購買疫苗408.6億元，報銷疫苗約12億元，高端以平均每劑845元計算，就浪費納稅人血汗錢5億元，在各品牌疫苗中最燒錢；其次是莫德納約4.1億元；再次是AZ約2.43億元。
由於新冠疫苗屆效期後，各地方衛生局委託醫療廢棄物簽約機構依「感染性事業廢棄物清除方式」銷毀，金額依公斤數核算，並由各縣市經費支應。換言之，銷毀疫苗也要花錢，我國因過期疫苗而浪費的錢應遠超過12億元。
為何AZ疫苗屆效數量最多？指揮中心發言人莊人祥說明，AZ只能當基礎劑，無法當追加劑；加上一開始各國都是捐AZ，因此AZ剩最多。莫德納疫苗是我國接種主力，一有貨就會配送到地方，加上解凍後30天內就要用完，因此很容易就到期。
國民黨立委李德維曾質疑指揮中心，疫苗採購政策估算失準造成浪費。前國健署署長邱淑媞則說，疫苗本應買多，要求「買得準」過於苛刻，但國際上還有許多國家沒疫苗可打，疫苗是珍貴防疫物資，當初捷克3萬劑莫德納疫苗也送臺灣，國內疫苗卻多到要報銷？如此浪費可以救人一命的防疫物資，難道是有什麼祕密？
邱淑媞表示，去年國內以較高價格訂購疫苗卻都來不了，「是我們買不到，還是政府不要？」全世界對新冠疫苗EUA的標準都相同，一是沒有其他藥可用，二是公共衛生緊急狀態；合理懷疑當初政府是為了製造一個「讓高端通過EUA」的有利條件，讓其他疫苗來不了。
邱淑媞說，臺灣各品牌疫苗都有剩，理應可送給其他需要疫苗的國家，但昂貴的高端疫苗卡在免疫橋接不被世界承認，想送也送不出去，最終造成納稅人血汗錢的鉅額浪費，衛福部與指揮中心應為浪費公帑向人民做出合理交代。
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